Die Embolo Foundation wird vom Stiftungsrat geführt. Sie ist verantwortlich für die erfolgreiche Umsetzung der Projekte, laufende Überprüfung der Ziele und Strategie sowie für die Vermögensentwicklung. Die Revisionsstelle Copartner Revision AG prüft die Buchhaltung sowie die Jahresrechnung nach schweizerischem Recht. Die Embolo Foundation untersteht der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht.